序卷上一、道生二、阴阳六十四卦、方圆二图三、色诊四、脉诊五、藏象卷下一、经络二、治则三、病能
第1部分第2部分第3部分第4部分
卷一针道源流针灸直指针灸方宜始论刺热论刺疟论刺咳论刺腰痛论奇病论刺要论刺齐论刺志论长刺节论皮部论经络论骨空论刺水热穴论调经论缪刺论经刺论巨刺论手足阴阳流注论卫气行论诊要经终论刺禁论刺法论五刺应五脏论：
简介祖剂细目祖齐小叙卷之一卷之二卷之三卷之四
叙言卷一调经古今方十九首种子时方三首外备方三首卷二胎前金匮方八首时方九首卷三产后金匮方论一十一首卷四杂病金匮方一十九首外科眼目瘰乳痈乳岩（附）乳缩乳卸附∶妇人阴挺论续记
自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓
普济本事方序卷第一中风肝胆筋骨诸风真珠丸独活汤星附散二生散救急稀涎散胜金丸拒风丹苏合香丸灸中风十二穴续断汤山蓣丸独活散地黄酒防风汤竹沥汤防己汤木瓜煎养血地黄丸羚羊角汤乌头汤小续命汤排风汤小风引汤《千金
序凡例运气流行法小儿病源总论辨实热辨虚热胎热预治方初生危证惊风之候丹毒之候腹痛之候杂证三关脉法观形察色法听声音法胎热急惊慢惊慢脾风天吊客忤中恶痉痫癫狂丹毒遍身胎肿瘰瘿瘤腹痛腹胀吐泻脱肛下疳疮痔疾治方大
简介自序凡例卷首卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十卷十一卷十二卷十三卷十四卷十五卷十六
序卷第一述增损旧方用药犯禁决述旧方合药法述看方及逆合备急药决治胸痹诸方治胸胁痰冷气满诸方治心痛腹胀满冷痛诸方治下利诸方治咳嗽上气诸气治气逆如奔豚状并诸汤方治虚满水肿诸方卷第二治头面风（论杂风状）诸方治