序卷一水火天雨水立春节雨水梅雨水液雨水腊雪水冰露水半天河水屋漏水冬霜冰雹水方诸水千里水井水节气水山岩泉水乳穴水温泉海水古冢中水磨刀水地浆浆水齑水甑气水熟汤生熟汤诸水有毒燧火桑柴火灶下灰火艾火卷二谷类粳
序一序二卷一运气（上）太极图论阴阳体象五行生成数解五行统论每日气数百刻六千分解四季日躔宿度昼夜长短刻数二十四气七十二候斗纲解十二辰次六合解二十八宿过宫歌二十八宿说中星岁差考奎壁角轸天地之门户说气数统论
凡例卷一九恨十三不可学十传摹看手指筋纹乃医家异教说治病不可关门杀贼说治病不可开门揖盗说汤方内更换药味说看病秘诀死症辨卓溪家传口诀推拿代药赋卷二阐明五脏生克以知补母泻子辨脐风辨胎寒辨胎热辨胎毒发丹辨胎惊
自序卷之一·治法通论卷之一·调经门经候总论经闭血崩赤白带下白浊白淫卷之二·杂症门上（杂证男女一也。此二卷方论，出女科书，多杂病书所遗，故存之耳。）虚劳客热寒热恶寒中风飞尸血厥螈颤振惊悸颠狂血风烦闷血风
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
序一序二序三总论伤寒热病总论验舌色论验口唇论验二便论辨脉论南北方宜发表不同论南北方宜清里相同论三阴经热病论三阴经寒病论阴症似阳论阳症似阴论宜发表论忌发表论宜清里论忌清里论宜和解论忌和解论宜吐法论忌吐法
简介序凡例卷之一卷之二卷之三卷之四卷之五卷之六卷之七卷之八卷之九卷之十附录
序卷一脉形状指下秘决第一（二十四种）平脉早晏法第二分别三关境界脉候所主第三辨尺寸阴阳荣卫度数第四平脉视人大小长短男女逆顺法第五持脉轻重法第六两手六脉所主五脏六腑阴阳逆顺第七辨脏腑病脉阴阳大法第八辨脉阴
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
序凡例卷之一医学或问中风附∶胃风伤寒卷之二瘟疫斑疹内伤中暑湿证燥证火热郁证痰饮咳嗽哮喘疟证霍乱泄泻卷之三痢呕吐噎膈HT逆吞酸嘈杂嗳气痞满肿胀积聚虚损劳极卷之四眩运头痛胃脘痛腹痛腰痛胁痛诸气疝气香港脚痛