序卷上全论大法第一六经正义第二合并启微第三风寒辨惑第四温暑指归第五湿异同第六平脉准绳第七卷下大阳病解第一阳明病解第二少阳病解第三太阴病解第四少阴病解第五厥阴病解第六制方大法第七
序一序二凡例卷之一伤寒伤寒论两感论附：嗣真少阴症似太阳太阳脉似少阴不同论太阳论阳明少阳论三阴论三焦论阴证论阴虚论内伤论表症论里症论热症论舌论附金镜录辨舌黑治法结胸论发狂谵语蓄血发发疹（附）发黄吐蛔厥症
第1部分第2部分
序祭神应王文岐伯阴阳脉例洁古老人内伤三阴例海藏老人内伤三阴例伤在少阴伤在太阳阴阳寒热各从类生服药同象伊芳尹汤液论例扁鹊仲景例仲景阴证论例易老法霍乱吐泻足阳明总摄六经霍乱与少阴寒热同候叔和阴脉例活人阴脉
序一序二卷一草部上人参黄术甘草山药薏苡仁何首乌百合菟丝子淫羊藿巴戟天肉苁蓉地黄天门冬麦门冬葳蕤牛膝续断五味子沙参芍药当归紫菀知母秦艽石斛延胡索细辛小茴香远志菖蒲肉豆蔻附子补骨脂益智子木香半夏卷二草部下
贾序范序查序鲁序全书纪略卷之一入集 传忠录（上）明理（一）阴阳篇（二）六变辩（三）表证篇（四）里证篇（五）虚实篇（六）寒热篇（七）寒热真假篇（八）十问篇（九）论治篇（十）气味篇（十一）卷之二入集 传忠
《本草衍义》提要序卷一序例上衍义总叙卷二序例中卷三序例下内容卷四玉泉丹砂空青绿青云母石钟乳朴硝芒硝硝石英硝矾石滑石紫石英白石英赤石脂白石脂石中黄子婆娑石无名异菩萨石卷五金屑银屑水银水银粉雄黄雌黄石硫黄
总论出产择地土收采按时月藏留防耗坏贸易辨假真咀片分根梢制造资水火治疗用气味药剂别君臣四气五味七情七方十剂五用修合条例服饵先后各经主治引使用药法象卷之一草部上人参黄耆甘草白术生干地黄当归牛膝黄精远志石菖
吴序张序自序张声驰序卷上人身一小天地论阴阳互根论五行生克论阴阳治法大要论枢机论卫气行度一经星经天论营气行度一经水行地论百病提纲论望病须察神气论卷中闻声须察阴阳论问证求病论切脉源流论内伤大要论湿气论卷下
叙卷之一咽喉大纲论喉舌分经说咽喉看治法总要十六绝症又四绝症右手图左手图针穴图卷之二精选应用诸方（九方）制药法（四法）爰采应用诸方（十二方）卷之三咽喉门第一（十一症图说）帘珠喉呛食哑喉内外肿喉风热喉紫色