序一序二自叙卷首 十二经络图象手太阴肺经图手阳明大肠经图足阳明胃经图足太阴脾经图手少阴心经图手太阳小肠经图足太阳膀胱经图足少阴肾经图心包络经图三焦经图足少阳胆经图足厥阴肝经图卷上肺经第一大肠经第二胃经
六因条辨卷上春温辩论春温条辨三十条论伤暑中暑中热辨误伤暑条辨二十六条中暑条辨十一条中热条辨八条六因条辨卷中伏暑辨论伏暑条辨二十八条秋燥辨论秋燥条辨十一条冬温温毒条论冬温条辨十条温毒条辨四条六因条辨卷下
卷一针道源流针灸直指针灸方宜始论刺热论刺疟论刺咳论刺腰痛论奇病论刺要论刺齐论刺志论长刺节论皮部论经络论骨空论刺水热穴论调经论缪刺论经刺论巨刺论手足阴阳流注论卫气行论诊要经终论刺禁论刺法论五刺应五脏论：
萧序范序朱序何序卷一医工论禀受论初生论回气论洗浴论断脐论相视寿夭论初生服药论中寒论初生不乳论脐风撮口论胎中病论诸不治病卷二五气论心肝脾肺肾乳母论慎护论食忌论大小论诸般色泽纹证论诸色泽候诸处纹状候五脏主
序一序二一卷 摄生类一、上古之人春秋百岁今时之人半百而衰二、上古圣人之教下三、古有真人至人圣人贤人四、四气调神五、天气清静藏德不止圣人从之故无奇病六、四时阴阳从之则生逆之则死七、不治已病治未病二卷
中风肝气眩晕头风虚劳咳嗽吐血失音肺痿遗精小便不通小便不禁汗脱脾胃木乘土肿胀积聚痞噎膈反胃关格嗳气呕吐吐蛔肠痹便秘肺痹胸痹哮喘呃逆黄胆风寒中寒风温温热冬温伏邪暑湿燥疫疹痰痰饮郁肝火不寐嘈杂三消脾痹疟泄泻
刘序鲍序程序自序初集许静亭翁夫人产后感邪重用清下治验刘明府少君先天不足心脾内亏治法鲍觉生宫詹郁伤心脾证类噎隔殆而复生洪楚峰孝廉中脏殆证再生奇验方萃岩翁公郎滑精证治余氏子疟后变证汪典扬翁外孙女体弱感邪证
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《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附
鬼门十三针