内容提要生理学合参卷一一、西医生理学脑血液皮肤消化器循环器呼吸器排泻器神经系五官器生殖器二、中医生理学五脏六腑此外病理学合参卷二一、热二、痛三、血四、呕吐五、谵语六、泻七、肿，胀八、汗九、头痛十、咳嗽
卷第一（求端探本）凡一门求子方论卷第二（方书叙例）凡十三门叙初有小儿方第一叙小儿有病与大人不殊第二叙小儿方可酌量药品分两第三叙小儿有病宜早治第四叙调理小儿第五叙修合药第六叙用药第七叙小儿气弱不可容易吐
《备急千金要方》序卷一 诸论论大医习业第一论大医精诚第二论治病略例第三论诊候第四议处方第五论用药第六玉石上部玉石中部玉石下部草药上部草药中部草药下部木药上部木药中部木药下部兽上部兽中部兽下部虫鱼上部虫
订正仲景全书伤寒杂病论 原序订正仲景全书伤寒论注辨太阳病脉证并治上篇桂枝汤方桂枝加附子汤方白虎加人参汤方调胃承气汤方五苓散方麻黄杏仁甘草石膏汤方十枣汤方桂枝人参汤方葛根黄芩黄连汤方桂枝去芍药汤方桂枝去
刘序鲍序程序自序初集许静亭翁夫人产后感邪重用清下治验刘明府少君先天不足心脾内亏治法鲍觉生宫詹郁伤心脾证类噎隔殆而复生洪楚峰孝廉中脏殆证再生奇验方萃岩翁公郎滑精证治余氏子疟后变证汪典扬翁外孙女体弱感邪证
王序卷一四明心法（上）诊法脉义二十五方总图二十五方分图二十五方图解二十五方主症卷二四明心法（中）方论药论卷三四明心法（下）中风伤寒疟疾痢疾鼓症膈症吞酸眩晕咳嗽怔忡血症弱症消症霍乱胃脘痛胎前产后带下淋症
总论时气（天时一）阴阳（天时二）地利（地利一）基址（地利二）十机（人事一）附∶小产论蓄外家（人事二）药食（论方）饮食（戒饮）男病（疾病一）女病（疾病二）附：衍庆编调经至言辨古续篇大意干道（蓄德一）坤道
自叙凡例白喉证论辩证法辨脉法用药法白喉热证尚轻治法白喉热证渐重治法白喉寒证尚轻治法白喉寒证渐重治法白喉虚热证治法白喉虚寒证治法白喉寒热错杂证治法续方白喉误治坏证治法白喉愈后补虚治法妇人白喉证小儿白喉证
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
金匮方歌括